El modelo de funcionamiento del CIQUS, compartido por todos los Centros Singulares de Investigación que integran la red, se basa en los siguientes principios básicos:
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asesoramiento, selección de investigadores y evaluación continuada de la actividad por parte de una Comisión Científica Externa,
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actividad científica basada en una planificación estratégica rigurosa y mecanismos de financiación ligados al cumplimiento de objetivos,
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dirección científica ejecutiva que coordine las capacidades de los grupos de investigación del centro, y
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gestión profesional de la actiividad del centro a través de órganos de gestión específicos.