El edificio que alberga el CIQUS, cuya construcción finalizó en marzo de 2010, ocupa 5.900 m2 de superficie construida. Cuenta con 22 laboratorios de investigación (90 m2) –ubicados en las plantas 0, 1, 2 y 3– diseñados bajo las premisas de flexibilidad, seguridad y sostenibilidad y equipados con mobiliario de primer nivel, ajustado a las características del trabajo a realizar: 15 laboratorios de síntesis orgánica e inorgánica, con 8 vitrinas cada uno (una por puesto de trabajo), 6 laboratorios para trabajo mixto de síntesis e instrumental y 1 laboratorio de biología molecular. Las plantas 0 y 1 acogen los laboratorios de la mayor parte de los grupos que desarrollan su trabajo en el ámbito de los nuevos materiales, mientras que las plantas 2 y 3 concentran la investigación en química biológica.
El centro cuenta además con cerca de 1000 m2 dedicados a instalaciones de apoyo instrumental, concentrados principalmente en la planta semisótano del edificio, y que incluyen entre otras:
Estos recursos se complementan con el catálogo de servicios de la RIAIDT, la mayor parte ubicados en el edificio CACTUS, situado a 150 m del CIQUS, en el extremo suroeste del Campus Vida, y que incluyen RMN de alto campo (750 MHz), espectrometría de masas, microscopía electrónica y confocal, difracción de Rayos X, magnetosusceptibilidad, etc así como de las plataformas tecnológicas asociadas (http://www.usc.es/gl/investigacion/riaidt/).