O modelo de funcionamento do CIQUS, compartido por todos os Centros Singulares de Investigación que integran a rede, baséase nos seguintes principios básicos:
-
asesoramento, selección de investigadores e avaliación continuada da actividade por parte dunha Comisión Científica Externa,
-
actividade científica baseada nunha planificación estratéxica rigorosa e mecanismos de financiamento ligados ao cumprimento de obxectivos,
-
dirección científica executiva que coordine as capacidades dos grupos de investigación do centro, e
-
xestión profesional da actividade do centro a través de órganos de xestión específicos.