P1072210 - Xenómica e mellora xenética (Biotecnoloxía en Acuicultura) - Curso 2013/2014

Información

• Créditos ECTS
• Créditos ECTS: 6.00
• Total: 6.0
• Horas ECTS
• Clase Expositiva: 18.00
• Clase Interactiva Laboratorio: 18.00
• Clase Interactiva Seminario: 6.00
• Horas de Titorías: 6.00
• Total: 48.0

Outros Datos

• Tipo: Materia Ordinaria Máster RD 1393/2007
• Departamentos: Xenética
• Áreas: Xenética
• Centro: Facultade de Bioloxía
• Convocatoria: 2º Semestre de Titulacións de Grao/Máster
• Docencia e Matrícula: null

Profesores

Nome	Coordinador
Garcia Suarez, Carlos.	SI
MARTINEZ PORTELA, PAULINO.	NON
SAN MIGUEL SALAN, EDUARDO.	NON
SANCHEZ PIÑON, LAURA ELENA.	NON

Horarios

Nome	Tipo Grupo	Tipo Docencia	Horario Clase	Horario exames
Grupo /CLE_01	Ordinario	Clase Expositiva	NON	NON
Grupo /CLIL_01	Ordinario	Clase Interactiva Laboratorio	NON	NON
Grupo /CLIS_01	Ordinario	Clase Interactiva Seminario	NON	NON
Grupo /TI-ECTS01	Ordinario	Horas de Titorías	NON	NON
Grupo de exame	Exames	Teóricos	NON	NON

Programa

Existen programas da materia para os seguintes idiomas:

Castelán

Galego

Inglés

Obxectivos da materia
Adquirir coñecementos sobre os principios básicos da xenómica
Adquirir coñecementos sobre as aplicacións da xenómica integrada á mellora produtiva de especies acuícolas de interese en acuicultura.
Coñecemento de técnicas de:
Estimación dos parámetros xenéticos das poboacións
Avaliación xenética de reprodutores
Deseño de sistema de selección artificial
Xestión da variabilidade xenética para carácteres produtivos en poboacións pechadas



Contidos
Tema 1: Introducción á xenética cuantitativa. Tipos de caracteres. Causas da variación continua. Descomposición dos varlores xenotípicos. Valores reproductivos.
Tema 2: Descomposición da varianza fenotípica. Descomposición da varianza xenética. Correlación xenotipo-ambiente. Herdabilidade.
Tema 3: Resposta á selección. Heredabilidade realizada.
Tema 4: Os novos paradigmas: QTL e selección xenómica.
Tema 5: Selección empregando múltiples criterios. Índices de selección
Tema 6: Selección multicaracter: pesos econômicos dos obxectivos de selección
Tema 7:Xeralización dos índices de selección: BLUP
Tema 8. Estructura e organización dos xenomas. Análise xenómica.
Tamaño dos xenomas. Complexidade de secuencias xenómicas. Xenomas de virus e procariotas. Organización de xenomas eucarióticos. Fragmentación de xenomas. Separación de fragmentos longos de DNA. Illamento de cromosomas. Hibridación in situ. Xenotecas. Vectores. Mapas físicos e mapas xenéticos. Marcadores. Estratexias de secuenciación xenómica. Modificaciones do método de Sanger. NGS (new generation sequencing). Secuenciación a grande escala. Revisión en acuicultura.
Tema 9. Mapas xenéticos e mapeo comparativo.
Conceptos básicos de ligamento e recombinación. Marcadores xenéticos. Cartografía xenética. Mapeo comparativo e genómica evolutiva. Identificación de rexións xenómicas de interese productivo. Clonación posicional. Xenómica integrada. Xenómica comparada. Aplicacións en acuicultura.
Tema 10. Xenómica funcional: Microarrays
Xenómica funcional. Microarrays. Bioinformática e bases de datos. Anotación de secuencias xenómicas. ORFs. Identificación de genes candidatos e rotas xénicas en procesos biolóxicos de interese productivo e evolutivo. Aplicacións en acuicultura.

Bibliografía básica e complementaria
BIBLIOGRAFÍA BÁSICA
Brown, T.A., 2002 Genomes. BIOS Scientific Publishers Ltd, Oxford.
Espinosa J. 2007. Genética y Genómica en Acuicultura. Ed.:Juan Espinosa de los Monteros.
Falconer, DS, Mackay, TF 1996 Introduction to Quantitative Genetics. Prentice Hall
Gjedrem, T., 2005 Selection and Breeding Programs in Aquaculture. Springer.
Griffiths A.J.F., Miller J.H. Suzuki D.T., et al. 2002. Genética (7ª ed.). McGraw-Hill Interamericana.
Hartl, D.L. y Jones, E.W. 2011. "Essential Genetics: A Genomic Perspective". (5ª Ed.). Jones and Bartlett Publishers. Sudbury, Massachusetts.
Izquierdo M. 1999. Ingeniería Genética y Transferencia Génica. Ed. Pirámide, Madrid.
Primrose S.B. 1998. Principles of Genome Analysis. (2ª ed). Blackwell Science Ltd, Oxford
BIBLIOGRAFÍA COMPLEMENTARIA
Allison, D.B., Cui, X.Q., Page, G.P., and Sabripour, M. 2006. Microarray data analysis: from disarray to consolidation and consensus. Nat Rev Genet 7: 55-65.
Aparicio S., Chapman J., Stupka E., et al. 2002. Whole-genome shotgun assembly and analysis of the genome of Fugu rubripes. Science, 297: 1301-1310.
Liu Z. 2011. Next Generation Sequencing and Whole Genome Selection In Aquaculture. Iowa University Press, Ames, USA
Canario A, Bargelloni L, Volckaert F, et al. 2008. Genomics toolbox for farmed fish. Rev Fish Sci, 16:1-13.
Danzmann R.G. & Gharbi K. 2001. Gene mapping in fishes: a means to an end. Genetica, 111: 3-23.
Dekkers JCM, Hospital F: The use of molecular genetics in the improvement of agricultural populations. Nat Rev Genet 2002, 3: 22-32
Doerge R.W. 2002. Mapping and analysis of quantitative trait loci in experimental populations. Nat. Rev. Genet., 3: 43-52.
Ferraresso, S., Milan, M., Pellizzari, C., et al. 2010. Development of an oligo DNA microarray for the European sea bass and its application to expression profiling of jaw deformity. BMC Genomics 11:354.
Gjedrem & Baranski. 2009. Selective breeding in Aquaculture: An Introduction. Springer.
Hill, WG, 2010 Understanding and using quantitative genetic variation. PHIL Trans R Soc B 365: 73-85
Jaillon O, Aury JM, Brunet F, et al. 2004. Genome duplication in the teleost fish Tetraodon nigroviridis reveals the early vertebrate proto-karyotype. Nature.21, 946-57
Kasahara, K Naruse, S Sasaki et al. 2007.The medaka draft genome and insights into vertebrate genome evolution Nature 447, 714-719
Korstanje R. & Paigen B. 2002. From QTL to gene: The harvest begins. Nat. Genet., 31: 235-236.
Kucuktas H, Wang S, Li P, He C, et al. 2009. Construction of genetic linkage maps and comparative genome analysis of catfish using gene-associated markers. Genetics. 181(4):1649-60.
Li J, Boroevich KA, Koop BF et al. 2011 Comparative Genomics Identifies Candidate Genes for Infectious Salmon Anemia (ISA) Resistance in Atlantic Salmon (Salmo salar). Mar Biotechnol 13:232–241.
Liu H, Jiang Y, Wang S, Ninwichian P, et al. 2009.Comparative analysis of catfish BAC end sequences with the zebrafish genome. BMC Genomics 10;10:592.
Martínez P, Bouza C, Hermida M, et al. 2009. Identification of the major sex-determining región of turbot (Scophthalmus maximus). Genetics 183: 1443-52
Millán A, Gómez-Tato A, Fernández C, Pet al.2010. Design and performance of a turbot (Scophthalmus maximus) oligo-microarray based on ESTs from immune tissues. Mar Biotechnol 12: 452-465.
Moghadam H, Poissant J, Fotherby H, et al. 2007 QTL for body weight, condition factor and age at sexual maturation in Arctic charr (Salvelinus alpinus): comparative analysis with rainbow trout (Oncorhynchus mykiss) and Atlantic salmon (Salmo salar). Mol Genet Genomics, 277(6):647-661.
Pérez-Enciso M. 2003. Fine mapping of complex trait genes combining pedigree and linkage disequilibrium information. A bayesian unified framework. Genetics, 163: 1497-1510.
Sarropoulou, E., D. Nousdili, A. Magoulas and G. Kotoulas, 2008 Linking the genomes of nonmodel Teleosts through comparative genomics. Mar. Biotechnol. 10: 227-233.
Shimoda N., Knapik E.W., Ziniti J.,et al. 1999. Zebrafish genetic map with 2000 microsatellites markers. Genomics, 58: 219-232.
Vera M, Álvarez-Dios JA, Millán A, et al. 2011 Validation of single nucleotide polymorphism (SNP) markers from an immune Expressed Sequence Tag (EST) turbot, Scophthalmus maximus, database. Aquaculture 2011, 313: 31-41.
Whitaker HA, McAndrew BJ, Taggart JB (2006) Construction and characterization of a BAC‐library for the European sea bass Dicentrarchus labrax. Animal Genetics, 37:526.


Competencias
Competencias xerais:

• CX01- Adquisición de capacidades de análise e prospeción sobre a situación actual e futura da acuicultura.
• CX02- Apreciar a importancia do debate e traballo en equipo, a comunicación interpersoal e a responsabilidade.
• CX03- Valorar a importancia das análises multidisciplinares e a relación entre coñecementos para a resolución de problemas e análises de puntos críticos.
• CX04- Utilizar as terminoloxías científicas axeitadas.
• CX06- Atopar as fontes de información e bases de datos necesarias; consultalas e analizar e sintetizar documentos.
• CX07- Contribuír a incrementar o coñecemento propondo e desenvolvendo proxectos de investigación e cultivo.
• CX08- Potencialo manexo de idiomas estranxeiros
• CX09- Aplicar un pensamento crítico, lóxico e creativo

Competencias específicas:

• CE04- Controlar todos os factores fisiolóxicos, metabólicos, inmunolóxicos, ambientais, de alimentación, que afectan ó benestar, e implementar os procesos de reprodución, produción, mantemento e patoloxía de especies clave e especies potenciais na acuicultura.
• CE09- Organizar a produción asegurando a súa viabilidade.
• CE10- Identificar obxectivos relevantes de investigación e planificar a súa consecución.
• CE11- Adquirir os coñecementos básicos e aplicados de xenética, xenómica e proteómica aplicada á acuicultura.

Competencias básicas:

• CB01- Posuír e comprender coñecementos que acheguen unha base ou oportunidade de ser orixinais no desenvolvemento e/ou aplicación de ideas, a miúdo nun contexto de investigación.
• CB02- Garantirase que o estudantado saiba aplicar os coñecementos adquiridos e a súa capacidade de resolución de problemas en contornas novas ou pouco coñecidas dentro de contextos máis amplos (ou multidisciplinares) relacionados coa sua área de estudo.;
• CB03- Garantirase que os estudantes sexan capaces de integrar coñecementos e enfrontarse á complexidade de formular xuízos a partir dunha información que, sendo incompleta ou limitada, inclúa reflexións sobor das responsabilidades sociais e éticas vinculadas á aplicación dos seus coñecementos e xuízos.
• CB04- Garantirase que os estudantes saiban comunicar as súas conclusións (e coñecemcentos e razóns últimas que as sustentan) a públicos especializados e non especializados dun xeito claro e sen ambigüidades.
• CB05- Garantirase que os estudantes teñan as habilidades de aprendizaxe que lles permitan continuar estudando dun xeito que terá de ser en gran medida autodirixido ou autónomo.

Metodoloxía da ensinanza
-Clases presenciaies teóricas e Seminarios. Presentación multimedia e proposición de seminarios de problemas / casos prácticos como apoio ao desenrolo conceptual do programa.

-Clases prácticas presenciaies: Laboratorio (Desenrolo experimental e manexo de equipamento de análise genómica); Análisisebioinformática ( Xestión de datos xenómicos); Estimas de herdabilidade (Regresión a partir de datos de familias); Análise de QTL (Emplego de programa de análise), o proceso de avaliación xenética.

-Titorías personalizadas: Resolución de dúbidas e apoio á consecución de obxetivos popostos na asginatura.

Sistema de evaluación
Avaliación da adquisición de competencias específicas e xerais propostos na asignatura.
Exame (60%); prácticas (asistencia, aproveitamento; 15%); Realización e defensa de seminarios (15%); Asistencia e participación (10%)
Tempo de estudo e traballo persoal
Horas presenciais: teoría (18 h), seminarios de pizarra (6 h), prácticas de laboratorio e seminarios prácticos (18 h)
Horas non presenciais: 102 h (tempo de estudo, resolución de problemas, preparación de seminarios/traballos e examen)
Horas Totais: 150 h
Recomendacións para o estudo da materia
Asistir ás clases de teoría, prácticas e seminarios. Consultar a bibliografía recomendada. Asistir a titorías. Participar nas clases. Estudar de xeito regular.
Observacións
Actividades académicas complementarias para os alumnos de 2º curso dos plans USC: P1071P01, UDC 428V01 y UVigo V02M015:
Traballo Temático: Desenrolo, exposición pública e presentación dunha memoria por escrito sobre un tema relacionado co do programa da asignatura, proposto por profesorado/alunado (revisión dun artigo de investigación). Carga 2 créditos ECTS.