P1072216 - Análise filoxenética (Biotecnoloxía en Acuicultura) - Curso 2013/2014

Información

• Créditos ECTS
• Créditos ECTS: 3.00
• Total: 3.0
• Horas ECTS
• Clase Expositiva: 12.00
• Clase Interactiva Laboratorio: 6.00
• Clase Interactiva Seminario: 3.00
• Horas de Titorías: 3.00
• Total: 24.0

Outros Datos

• Tipo: Materia Ordinaria Máster RD 1393/2007
• Departamentos: Departamento Externo
• Áreas: Área Externa para o postgrao oficial
• Centro: Facultade de Bioloxía
• Convocatoria: 2º Semestre de Titulacións de Grao/Máster
• Docencia e Matrícula: null

Profesores

Nome	Coordinador

Horarios

Nome	Tipo Grupo	Tipo Docencia	Horario Clase	Horario exames
Grupo /CLE_01	Ordinario	Clase Expositiva	NON	NON
Grupo /CLIL_01	Ordinario	Clase Interactiva Laboratorio	NON	NON
Grupo /CLIS_01	Ordinario	Clase Interactiva Seminario	NON	NON
Grupo /TI-ECTS01	Ordinario	Horas de Titorías	NON	NON
Grupo de exame	Exames	Teóricos	NON	NON

Programa

Existen programas da materia para os seguintes idiomas:

Castelán

Galego

Obxectivos da materia
Obxectivos xerais
Preténdese que os alumnos que cursen esta materia sexan capaces de deseñar e implementar un estudo filoxenético para a resolución de problemas biolóxicos. Para iso deberán entender as premisas principais da inferencia filoxenética. Preténdese ademais que o alumno comprenda a natureza científica da filoxenética e das súas relacións co desenvolvemento tecnolóxico e social.

Obxectivos específicos
• Descrición dos termos e conceptos fundamentais da filoxenética.
• Interpretación da representación gráfica e textual das árbores filoxenéticas.
• Enumerar as vantaxes e desvantaxes dos distintos métodos filoxenéticos.
• Representar hipóteses evolutivas como árbores filoxenéticas.
• Usar árbores para o contraste de hipóteses biolóxicas.
• Manexar ferramentas bioinformáticas para a análise filoxenética.

Encuadramiento da materia no programa de doutoramento
Este curso pretende a aprendizaxe dunha serie de habilidades para a análise fiogenético de secuencias de ADN. Estas secuencias poden obterse mediante unha serie de técnicas da xenética molecular que se poden aprender noutros cursos deste programa de doutoramento.



Contidos
Temario teoría
Tema 1. Introdución á filoxenética. Árbores filoxenéticos. Enraízamento. Monofilia e polifilia. Caracteres e estados. Homoloxía e homoplasia. Ortoloxía e paraloxía. Cladismo e fenética. Usos xerais das filoxenias. 2
Tema 2. Aliñamento de secuencias. Substitución, inserción e deleción. Aliñamento por pares. Aliñamento múltiple. Programas de aliñamento. Filtrado de aliñamentos. 1
Tema 3. Modelos de evolución molecular. Saturación. Probabilidade de cambio. Modelos de substitución nucleotídica. Selección de modelos. 1
Tema 4. Búsquedas filoxenéticas. Caracteres vs. distancias. Algoritmos e optimalidade. Paisaxes de árbores. Procuras exactas e aproximadas. Intercambios topolóxicos. Árbores consenso.1
Tema 5. Máxima parsimonia. Criterio de parsimonia. Reconstrución de estados ancestrais. Atracción das ramas longas.1
Tema 6. Métodos de distancias. Distancias patrísticas. Aditividade e ultrametricidade. Criterio de Fitch-Margoliash. Mínima evolución. Distancias corrixidas. Métodos algorítmicos: UPGMA e NJ.1
Tema 7. Máxima verosimilitude. Concepto de verosimilitude. Cálculo da verosimilitude en árbores. Reconstrución de estados ancestrais. Parsimonia vs. verosimilitude. 1
Tema 8. Inferencia Bayesiana. Probabilidades a priori e a posteriori. Teorema de Bayes. Bayes versus verosimilitude. Cadeas de Markov de Monte Carlo (MCMC). Mostraxe e converxencia MCMC. 2
Tema 9. Contrastes filoxenéticos. Erro filoxenético. Boostrap. Comparación de topoloxías. Tests do reloxo molecular. Aplicacións. 2

Temario Prácticas e Seminarios
Práctica 1. Aliñamento e edición de secuencias. 2
Práctica 2. Modelos de evolución molecular. 2
Práctica 3. Máxima parsimonia e métodos de distancias. 2
Práctica 4. Máxima verosimilitude e análise Bayesiano. 2
Práctica 5. Contrastes filoxenéticos e aplicacións. 1


Bibliografía básica e complementaria
Bibliografía básica:

- Page RDM & Holmes EC. 1998. Molecular Evolution: A Phylogenetic Approach. Blackwell Science, Inc. ISBN: 0-86542-889-1. Trátase dun texto sinxelo e introductorio á evolución molecular.

- Vandamme AM, Salemi M, Lemey P (eds). 2010. The Phylogenetic Handbook, 2nd Edition. Cambridge University Press. Un libro moi práctico a un nivel moi alcanzable con exemplos prácticos para traballar. Moi recomendable

Bibliografía complementaria:
- Felsenstein J. 2004. Inferring phylogenies. Sinauer Associates, Inc. ISBN: 0-87893-177-5. A día de hoxe este é o texto máis rigoroso e actualizado que existe sobre metodoloxía filoxenética. Bastante teórico.

- Swofford D. 1996. Capítulo 11 no libro "Molecular Systematics, Second Edition. 1996. Hillis, D. M., C. Moritz, and B. K. Mable (eds.). Sinauer Associates". Un capítulo excelente sobre metodoloxía filoxenética. O capítulo 12 deste libro trata das aplicacións das filoxenias.

- Nei M & Kumar S. 2000. Molecular evolution and Phylogenetics. Oxford University Press. ISBN 0-19-513584-7. Un bo libro cun tratamento profundo dos métodos de distancias.


Recursos web:
http://darwin.uvigo.es
http://faitic.uvigo.es

Outros materiais de apoio:
http://darwin.uvigo.es
http://faitic.uvigo.es



Competencias
Competencias xeráis:
• CX02- Apreciar a importancia do debate e traballo en equipo, a comunicación interpersoal e a responsabilidade.
• CX03- Valorar a importancia das análises multidisciplinares e a relación entre coñecementos para a resolución de problemas e análises de puntos críticos.
• CX04- Utilizar as terminoloxías científicas adecuadas.
• CX05- Redactar e defender informes profesionais e publicacións científicas, fomentando a expresión audiovisual, oral e escrita.
• CX06- Atopar as fontes de información e bases de datos necesarias; consultalas e analizar e sintetizar documentos.
• CX08- Potencia-lo manexo de idiomas estranxeiros
• CX09- Aplicar un pensamento crítico, lóxico e creativo
• CX10- Capacidade de traballar de forma individual no deseño experimental, amosando autonomía no traballo de laboratorio.

Competencias específicas
• CE04- Controlar todos os factores fisiolóxicos, metabólicos, inmunolóxicos, ambientais, de alimentación, … que afectan ó benestar, e implementar os procesos de reproducción, producción, mantemento e patoloxía de especies clave e especies potenciais na acuicultura.
• CE10- Identificar obxectivos relevantes de investigación e planificar a súa consecución.

Competencias básicas
• CB01- Garantizarase que os estudantes sepan aplica-los coñecementos adquiridos e a súa capacidade de resolución de problemas en entornos novos ou pouco coñecidos dentro de contextos máis amplos (ou multidisciplinares) relacionados coa sua área de estudo;
• CB02- Garantizarase que os estudantes sexan capaces de integrar coñecementos e enfrentarse á complexidade de formular xuizos a partir dunha información que, sendo incompleta ou limitada, inclúa reflexións sobor das responsabilidades sociais e éticas vinculadas á aplicación dos seus coñecementos e xuizos;
• CB03- Garantizarase que os estudantes saiban comunicar as suas conclusións (e coñecementos e razóns últimas que as sustentan) a públicos especializados e non especializados dun modo claro e sin ambigüidades ;
• CB04- Garantizarase que os estudantes teñan as habilidades de aprendizaxe que lles permitan continuar estudando dun xeito que terá de ser en gran medida autodirixido ou autónomo.







Metodoloxía da ensinanza
Ao longo deste curso realizaranse diversas actividades:

1. Sesións maxistrais
O profesor presentará as liñas mestras de cada tema do programa para o seu debate en clase. Espérase que o alumno complete cada tema consultado o capítulo apropiado dos libros indicados na bibliografía xeral e específica.

2. Prácticas de pizarra
Os alumnos realizarán análises e exercicios filoxenéticos en clase e durante o seu tempo de traballo persoal, coa axuda do profesor e compañeiros.

4. Tutorías.
O profesor atenderá persoalmente, a través de email, teléfono, no foro da materia, aos alumnos para orientalos e resolver as dúbidas que se poidan expor ao redor da materia.



5. Plataforma Online
Utilizarase a plataforma de aprendizaxe electrónica para a formulación de preguntas ao profesor, para a discusión en foros, intercambio de documentos e ligazóns virtuais, e para a realización de exercicios. Xunto coas tutorías utilizarase esta plataforma como medio de comunicación asíncrono profesor-alumno e alumno-alumno.


Sistema de evaluación
ConConsideracións xerais:
Participación
Prácticas
Contidos da materia

Aspectos e criterios de avaliación:
Aspecto - Criterios - Instrumentos - % da cualificación da asignatura

1. Participación - Participación activa na aula e no foro - Observación e notas do profesor
- Plataforma online : 20

2. Prácticas - Realización e resolución de exercicios - Plataforma online: 50

3. Contidos da materia - Compresión e descrición - Exame: 30

Total: 100

1. Valorarase a participación do alumno en clase, en titorías, ou no foro da asignatura. Considérase positivo que o alumno non só expoña dúbidas ou cuestións, senón que faga comentarios ou discuta os conceptos ou actividades que se desenvolverán ao longo do curso. En definitiva, teranse en conta as achegas do alumno que demostren o seu interese pola materia e o seu estudo continuado ao longo do curso.

2. O exame contemplará preguntas conceptuais e/ou técnicas sobre calquera actividade da materia (clases maxistrais, prácticas de laboratorio, lecturas). O exame durará 2 horas e será cualificado nunha escala de 0-10.



Tempo de estudo e traballo persoal
Clases expositivas
Clases maxistrais 12h presenciais 18h non presenciais
Clases interactivas
Prácticas de laboratorio 5h presenciais 25h non presenciais
Clases de pizarra 3h presenciais 6h non presenciais
Seminarios 4h non presenciais

Titorí­as 4h presenciais

Recomendacións para o estudo da materia
1. Non deixes a materia para o final. Completa todas as actividades desde o principio do curso. Non se pode superar a materia realizando só o exame.

2. Asiste a clase para seguir de forma continuada o desenvolvemento da materia.

3. Repasa con frecuencia as clases e problemas. Tes á túa disposición todo o material na plataforma online.

4. Consulta ao profesor todas as túas dúbidas. Podes facelo en clase, nas tutorías, por teléfono, email ou a través do foro do curso na plataforma online.

5. Revisa o teu correo electrónico e conéctate á plataforma online a diario, para estar ao corrente das diferentes actividades.