Saltar ao contido principal
Inicio  »  Centros  »  Facultade de Farmacia  »  Información da Materia

P1022105 - Bioinformática (Módulo Central Materias Obrigatorias) - Curso 2013/2014

Información

  • Créditos ECTS
  • Créditos ECTS: 6.00
  • Total: 6.0
  • Horas ECTS
  • Clase Expositiva: 18.00
  • Clase Interactiva Laboratorio: 12.00
  • Clase Interactiva Seminario: 12.00
  • Horas de Titorías: 6.00
  • Total: 48.0

Outros Datos

  • Tipo: Materia Ordinaria Máster RD 1393/2007
  • Departamentos: Química Orgánica, Departamento Externo
  • Áreas: Química Orgánica, Área Externa para o postgrao oficial
  • Centro: Facultade de Farmacia
  • Convocatoria: 2º Semestre de Titulacións de Grao/Máster
  • Docencia e Matrícula: Primeiro Curso (1º 1ª vez)

Profesores

NomeCoordinador
VILLAVERDE CAMERON-WALKER, MARIA DEL CARMEN.NON

Horarios

NomeTipo GrupoTipo DocenciaHorario ClaseHorario exames
Grupo /CLE_01OrdinarioClase ExpositivaSINON
Grupo /CLIL_01OrdinarioClase Interactiva LaboratorioNONNON
Grupo /CLIS_01OrdinarioClase Interactiva SeminarioNONNON
Grupo /TI-ECTS01OrdinarioHoras de TitoríasSINON

Programa

Existen programas da materia para os seguintes idiomas:

  • Castelán
  • Galego


    • Obxectivos da materia
    Obxectivos da materia

    A cantidade de datos de orixe biolóxica (secuencias, estruturas, expresión de xenes) é actualmente tan grande que a análise manual é imposible. A única forma de analizalos (e logo facelos útiles), é mediante o uso de programas computacionais. Este software, en maior ou menor medida, deberá conte-los elementos e principios que rexen o funcionamento dun ser vivo. Logo os obxectivos involucran a comprensión de:

    Organizar datos e facelos accesibles
    Comprender procesos celulares complexos
    Predicir fenómenos biolóxicos de múltiples variables
    Deseño, implementación e integración de bases de datos
    Aliñación de secuencias de DNA e proteínas
    Ensamblaxe de fragmentos de DNA e creación de mapas xenómicos.
    Predición de estrutura e dinámica de macromoléculas
    Predición conformacional e funcional de proteinas. Deseño de ligandos
    Relacións filoxenéticas entre organismos
    Estudo de tódolos xenes e proteínas dun organismo: “Xenómica e proteómica funcional”



    Contidos
    PROGRAMA TEÓRICO

    PRIMEIRA PARTE: Era Postxenómica

    TEMA I.- INTRODUCIÓN Á BIOINFORMÁTICA.
    TEMA II.- BASES DE DATOS E A SÚA UTILIZACIÓN.
    TEMA III.- A INFORMATICA NA BIOLOXÍA MOLECULAR.
    TEMA IV.- ALINEAMIENTOS DE SECUENCIAS E FILOXENIA.
    TEMA V.- ANOTACIONS DE SECUENCIAS E PREDICCIÓN DE XENES.

    SEGUNDA PARTE: Predición conformacional e funcional de proteínas

    TEMA VII.- PRINCIPIOS BÁSICOS DE ESTRUTURA DE PROTEÍNAS.
    TEMA VIII.- NOCIÓNS ELEMENTAIS DE MODELIZACIÓN MOLECULAR.
    TEMA IX.- PREDICIÓN DA ESTRUTURA DE PROTEÍNAS.
    TEMA X.- DESEÑO DE FÁRMACOS POR ORDENADOR.

    PROGRAMA PRÁCTICO

    PRIMERA PARTE: Bases de datos biolóxicas e traballo coas secuencias de ácidos nucleicos.
    1.- Búsqueda nas bases de datos.
    2.- Análise e manexo informático das secuencias de ADN.
    3.- Alineamientos e ensamblaxes de secuencias de ADN.
    4.- Establecemento de relacións de Filoxenia.
    5.- Anotacións de secuencias e o seu significado biolóxico.

    SEGUNDA PARTE: Predición conformacional e funcional de proteínas
    1.- Uso de programas de modelización molecular con interfase gráfica (ChemDraw, SPDBV, InsightII).
    2.- Construción de moléculas por ordenador.
    3.- Minimización de enerxías.
    4.- Búsqueda de conformacións moleculares usando dinámica molecular.
    5.- Predición de estrutura secundaria. Uso de servidores e bases de datos.
    6.- Determinación do efecto de mutacións na estrutura secundaria. Deseño de moléculas cunha estrutura secundaria predeterminada.
    7.- Predición da estrutura terciaria de proteínas. Procura de patróns, aliñamento e avaliación dos modelos usando servidores WEB e o programa SPDBV.

    Bibliografía básica e complementaria
    1.- Carl-Ivar Branden e John Tooze, Introduction to Protein Structure, Garland Publishing, 2ª ed, 1999.
    2.- Arthur M. Lesk, Introduction to Protein Architecture: The Structural Biology of Proteins, Oxford University Press, 2001.
    3.- Alan Fersht, Structure and Mechanism in Protein Science: A Guide to Enzyme Catalysis and Protein Folding, W. H. Freeman & Co., 1999.
    4.- Andrew R. Leach, Molecular Modelling: Principles and Applications, 2ª ed. Prentice Hall, 2001.
    5.- David M. Webster (editor), Protein Structure Prediction: Methods and Protocols, Humana Press, 1ª ed., 2000.
    6.- Michael J. E. Sternberg (editor), Protein Structure Prediction: A practical Approach, IRL Press, Oxford University Press, 1997.
    7.- Philip E. Bourne e Helge Weissig (editores), Structural Bioinformatics, John Wiley & Sons, Inc., 2003.
    8.-Bioinformatics and Functional Genomics, Jonathan Pevsner, ISBN: 978-0-471-21004-7, 2008
    9.-Bioinformatics computing. Bergeron Bryan P ,Prentice Hall PTR/Pearson educ (2003).
    10.-Bioinformatics: genes, proteins and computers. C Orengo, D. Jones J. Thornton (editores). BIOS Scientific (2003).
    11.-Bioinformatics basics : applications in biological science and medicine / edited by Lukas K. 12.-Buehler, Hooman H. Rashidi Boca Raton, Florida : Taylor & Francis , 2005
    13.-Bioinformatics : genes, proteins, and computers / edited by Christine Orengo, David Jones, Janet Thornton Oxford, 2003
    14.-Introduction to bioinformatics, Lesk, Arthur M.,Oxford (England) : Oxford University Press, cop. 2002.
    15.-An Introduction to bioinformatics algorithms /Neil C. Jones and Pavel A. Pevzner. Jones, Neil
    16.-Protein bioinformatics : an algorithmic approach to sequence and structure analysis / Ingvar Eidhammer and Inge Jonassen, William R. Taylor C., Cambridge, MA, 2004.


    Competencias
    Competencias

    Preténdese que o alumno adquira coñecementos básicos que lle premitan interpretar cuestións sinxelas de Bioinformática, tanto a nivel teórico como práctico, así como a comprensión das bases do método científico e o desenvolvemento da curiosidade e espírito crítico. En conxunto, que utilice o punto de vista bioinformático na visión dos fenómenos biolóxicos, para conseguir unha visión máis global dos seres vivos.


    Metodoloxía da ensinanza

    Habera clases de teoría asistidas por ordenador e a utilización de medios audiovisuais de apoio á ensinanza e á aprendizaxe en clases presenciais.
    Habera ademais horas de prácticas e problemas na aula de informática nas que os estudantes deberán adquirir unha formación básica das técnicas e procedementos de Bioinformática. Elaboráranse nunha orde creciente de complexidade e realizaránse o máis coordinado posible co programa teórico.


    Sistema de evaluación
    Farase unha avaliación continua a través das clases, titorías e discusión de comentarios, temas e traballos que xurdan ó longo do curso. Valorarase a actitude, resultados e aproveitamento das prácticas realizadas na aula de informática. Finalmente realizarase un exercicio escrito para avalia-lo nivel de coñecementos adquiridos que constará de varias preguntas repartidas entre cuestións teóricas moi concretas e resolución de problemas de dificultade análoga ós realizados durante o curso.
    Tempo de estudo e traballo persoal
    A materia ten unha carga de traballo de 6,0 ECTS, correspondendo 1 crédito ECTS a 25 horas de traballo total, que se reparten da seguinte forma:


    Actividade /Horas presenciais/ Factor Traballo persoal/ TOTAL
    ------------------------------------------------------------------------------------------------

    Teoría-- 12/ 1,25 / 15 / 27

    Problemas-- 16 / 1,75 / 28 / 44

    Prácticas-- 28 / 1,25 / 35 / 63

    TitoríasObrigatorias-- 2 / 1 / 2 / 4

    Exame-- 2 / 5 / 10 / 12

    TOTAL-- 60 / 90 / 150

    Recomendacións para o estudo da materia
    Debido ó baixo número de alumnos nesta materia é posible realizar un seguimento personalizado, polo que é fundamental a asistencia ás actividades presenciais e a constancia para superar con éxito esta disciplina