Saltar ao contido principal
Inicio  »  Centros  »  Facultade de Medicina e Odontoloxía  »  Información da Materia

P2062201 - Proteómica e estrutura de proteínas (Materias Optativas do 1º Semestre) - Curso 2013/2014

Información

  • Créditos ECTS
  • Créditos ECTS: 3.00
  • Total: 3.0
  • Horas ECTS
  • Clase Expositiva: 9.00
  • Clase Interactiva Seminario: 12.00
  • Horas de Titorías: 3.00
  • Total: 24.0

Outros Datos

  • Tipo: Materia Ordinaria Máster RD 1393/2007
  • Departamentos: Bioquímica e Bioloxía Molecular, Química Orgánica
  • Áreas: Bioquímica e Bioloxía Molecular, Química Orgánica
  • Centro: Facultade de Medicina e Odontoloxía
  • Convocatoria: 1º Semestre de Titulacións de Grao/Máster
  • Docencia e Matrícula: Primeiro Curso (1º 1ª vez)

Profesores

NomeCoordinador
NOGUEIRA ALVAREZ, MONTSERRAT.SI
SALGADO CASTRO, FRANCISCO JAVIER.NON
SANCHEZ PEDREGAL, VICTOR MANUEL.NON

Horarios

NomeTipo GrupoTipo DocenciaHorario ClaseHorario exames
Grupo /CLE_01OrdinarioClase ExpositivaSINON
Grupo /CLIS_01OrdinarioClase Interactiva SeminarioSINON
Grupo /TI-ECTS01OrdinarioHoras de TitoríasNONNON

Programa

Existen programas da materia para os seguintes idiomas:

  • Castelán
  • Galego
  • Inglés


    • Obxectivos da materia
    Coñecer as técnicas de análise de proteínas a nivel molecular, en particular as relacionadas coa súa identificación (proteómica) e coa determinación da súa estrutura tridimensional (cristalografía e RMN). Salientarase o gran potencial destas técnias no campo da biomedicina, preséntadose exemplos de aplicacións. O obxectivo fundamental da asignatura é que o alumnado se convirta en “usuarios intelixentes” destas técnicas, é dicir, que saiban que tipo de cuestións se poden resolver recurrindo a elas no contexto da investigación biomédica.

    En relación coa proteómica, presentaranse as novas estratexias para a análise do proteoma, considerando amplamente os tres factores decisivos no seu desenvolvemento:
    • Os avances realizados nos métodos e técnicas de purificación de proteínas e a súa separación mediante 2D-PAGE coa introdución de gradientes de pH inmobilizados (IPGs).
    • O desenvolvemento de técnicas de espectrometría de masas para analizar proteínas e péptidos.
    • A secuenciación de xenomas a gran escala e o desenvolvemento de bases de datos de proteínas.

    Respecto á determinación estrutural, trataranse os fundamentos e as posibilidades de aplicación de cada técnica con un enfoque dirixido a non especialistas en bioloxía estrutural









    Contidos
    1. Introdución. Definición e tipos de proteómica.

    2. Obtención e purificación de proteínas. Optimización da solubilización de proteínas de membrana.
    Electroforesis. Fundamento e tipos. Tipos de electroforesis bidimensional.
    Preparación da mostra. Primeira dimensión. Isoelectroenfoque. Inmobilinas.

    3. Segunda dimensión. SDS-PAGE.
    Resolución de problemas asociados á técnica. Aplicacións.
    Visualización das proteínas. Métodos de tinción.
    Visualización de modificacións postraducionales en proteínas.
    Análise de imaxe. Introdución ao PDQuest e Melanie.

    4. Identificación e caracterización de proteínas. A espectrometría de masas como técnica clave para a investigación proteómica.
    Dixestión e análise por espectrometría de masas.
    Pegada peptídica: MALDI-TOF

    5. Programas de bioinformática para a identificación de proteínas fundamentados en valores m/z.

    6. Estrutura tridimensional das proteínas.
    Xeneralidades.
    Expresión e purificación de proteínas para determinación estrutural.

    7. Determinación estrutural mediante cristalografía de raios X.
    Cristalización.
    Difracción.
    Resolución de estruturas.

    8. Determinación estrutural mediante resonancia magnética nuclear (RMN).
    Espectros de RMN.
    Marcaxe isotópica.
    Interpretación de espectros e cálculo de estruturas.
    Estudio de interaccións proteína/proteína e proteína/ligando.

    Contido das clases interactivas de bioinformática.
    Aplicación de coñecementos a un caso práctico consistente na análise de proteínas citosólicas de linfocitos T humanos. Identificación e caracterización dunha proteína mediante MS y MS/MS.
    · Deseño e avaliación do traballo a realizar
    · Obtención de datos experimentais
    · Identificación e caracterización mediante programas de bioinformática utilizando m/z e secuencia.
    · Presentación pública do traballo.



    Bibliografía básica e complementaria
    Kurt Wüthrich: "NMR of Proteins and Nucleic Acids". Wiley- Interscience; 1 edition 1986).
    John Cavanagh, Wayne J. Fairbrother, Arthur G. Palmer III, and Nicholas J. Skelton. “Protein NMR Spectroscopy: Principles and Practice”. Academic Press; 2 edition (2006).
    A. Wlodawer, W. Minor, Z. Dauter, M. Jaskolski. “Protein crystallography for non-crystallographers, or how to get the best (but not more) from published macromolecular structures.” FEBS Journal 2007, 275, 1–21.
    A. H. Kwan, M. Mobli, P. R. Gooley, G. F. King, J. P. Mackay. “Macromolecular NMR spectroscopy for the non-spectroscopist.” FEBS Journal 2011, 278, 687–703.

    . Introduction to Proteomics. Tools for the New Biology. Daniel C.Liebler. Humana Press Inc. Totowa, N.J. (2002)
    . Molecular Biology of the Cell (4ª ed). Alberts et al. Ed. Garland Science
    . Discovering Genomics, Proteomics, and Bioinformatics. M Campbell, L.J. Heyer. Editorial CSHL Press. B. Cummings.
    . The proteomics protocols handbook. J.M.Walker. Editorial Humana Press
    . Introduction to Proteomics. Tools for the new biology. Daniel C. Lieber.Editorial Humana Press
    . Interpreting the protein language using proteomics. Nat Rev Mol Cell Biol, vol 7, 391-403.
    . Introducción a la Espectrometría de Masas para la caracterización de péptidos y proteínas en Proteómica. J.Abián, M. Carrascal, M.Gay. Proteómica 2: 16-64.
    . Application of thiophilic chromatography to deplete serum immunoglobulins in sample preparatio for bidimensional electrophoresis. FJ. Salgado, S.Vazquez ,A. Iglesias, P. Arias and M.Nogueira. Analytica Chimica Acta 658, 18-31
    Recursos Web :UNIPROT,SIB,EXPASY,ETC.

    Competencias
    Entender os diferentes tipos de proteómica e as súas posibilidades.
    Coñecer as técnicas e métodos para a purificación de proteínas así como a súa separación por electroforesis 1D e 2D.
    Coñecer as diferentes posibilidades de visualización e análise de imaxe.
    Entender como a aplicación da espectrometría de masas permite a identificación e caracterización de proteínas.
    Adquirir certa destreza no uso de programas de bioinformática que permiten a identificación de péptidos e proteínas mediante pegada peptídica e/o etiqueta de secuencia.
    Coñecer os conceptos fundamentais sobre a estructura das proteínas.
    Coñecer os fundamentos das técnicas de cristalografía e RMN, e como condicionan a información estrutural que proporcionan.
    Coñecer o ámbito de aplicación e as limitacións destas técnicas na actualidade.

    Metodoloxía da ensinanza
    Clases expositivas e interactivas. Nas clases interactivas discutiranse exemplos de aplicacións e artigos de investigación, sendo fundamental a participación dos alumnos. Ademais, resolveranse exemplos con ferramentas de bioinformática na aula de informática.
    Sistema de evaluación
    - Avaliación continua:
    --- realización de traballos que se propoñan ao longo do curso.
    --- prácticas na aula de informática, valorándose os resultados e o aproveitamento.

    - Entrega dun traballo final con cuestións sobre un artigo proposto polos profesores.

    Tempo de estudo e traballo persoal
    Horas presenciais: 24 h
    Horas de traballo autónomo: 24 h x 2 (factor de traballo alumnado) = 48 h
    Total: 72 h

    Recomendacións para o estudo da materia
    • Asistencia e participación activa nas clases.
    • Lectura dos textos recomendados.
    • Entrega en prazo das actividades propostas polo profesorado.

    Observacións
    -