Unidade de Expresión Xénica - Tecnoloxía Affymetrix

A Unidade de Expresión de Affymetrix pon a disposición dos usuarios o equipamento necesario para a hibridación, tinción e escaneado dos arrays de Expresión de Affymetrix e ofrece soporte e asesoramento técnico a aqueles usuarios que o demanden.

Os arrays de expresión de Affymetrix miden o sinal de expresión a nivel xenómico-transcriptómico e/ou a nivel exónico de milleiros de xenes simultáneamente dunha mostra dada, gracias á técnica de hibridación específica ARN-ADN ou ADN-ADN.
Trátase de microarrays de oligonucleótidos de alta densidade que inclúen milleiros de conxuntos de sondas (probesets) con secuencias do transcriptoma da especie estudada dispostas sobre a base do array. Cada sonda é un oligonucleótido (típicamente de 25 nucleótidos) complementario á rexión estudada representado milleiros de veces en microceldas do array .
O sinal obtido da hibridación da mostra (ARN ou ADN marcado e fragmentado) coas sondas-oligo dispostas nos microarrays proporciona a medida do nivel de expresión da mostra analizada.

Clasicamente, os microarrays de Affymetrix dispoñen as sondas oligonucleotidicas no extremo 3´ dos xenes que interrogan e utilizan o nivel de expresión  desta localización para estimar o nivel de expresión do xen (arrays 3´ de expresión xénica).
Ademais destes arrays, Affymetrix dispón actualmente de arrays con sondas distribuídas ao longo de todo o xen (arrays “Whole-Transcript”) permitindo detectar expresión en xenes co extremo 3´ truncado (por splicing, non poliadenilación, delecións xenómicas ou por outros eventos que alteren o extremo 3´ do xen). Ademais, dentro dos arrays “Whole-Transcript”, Affymetrix deseñou un modelo de arrays, os denominados “Exon Arrays”, capaces de identificar eventos de splicing gracias a que presentan sondas en cada un dos exóns dos xenes que interroga (ver sección “Catálogo de Arrays”).