Durante os últimos anos, e de forma regular, o museo organiza exposicións temporais, cos seguintes obxectivos:
Esta exposición organizouse como conmemoración do V centenario do descubrimento de América e nela mostrouse parte dos fondos de orixe americana do Museo.
O principal obxectivo desta exposición foi contribuír á divulgación do traballo dos preparadores do Gabinete de Historia Natural da Universidade de Santiago, e dar a coñecer o valor histórico-científico das súas coleccións.
Realizada na celebración do Xacobeo 99, pretendíase chamar a atención sobre a fauna, flora e xea de Galicia, tan admirados polos chegados á nosa terra e que moitas veces pasa desapercibido para os galegos.

Presentada coa finalidade de dar a coñecer as especies de algas máis comúns nas costas de Galicia, a súa importancia económica e os seus variados usos.
Nesta exposición mostrouse a importancia da explotación da sílice ao longo da historia.
No Xacobeo 2004 o Museo foi o encargado de montar a parte desta exposición relacionada coas plantas medicinais, os seus usos na curación das doenzas dos peregrinos e o seu cultivo na horta do Hospital Real.

Destacouse a importancia e o valor dos fondos histórico-científicos que se conservan en Galicia e como a súa existencia estivo relacionada coa evolución dos traballos de científicos galegos.

Deu a coñecer a relevancia desta colección, unha das máis importantes do mundo, tanto pola calidade como pola cantidade de exemplares e documentación, que lle confiren un extraordinario valor científico e didáctico.

A través desta mostra déronse a coñecer os minerais galegos que están actualmente en explotación, a súa natureza, a súa orixe xeolóxica e en que zonas de Galicia afloran, así como os procesos de transformación aos que son sometidos, sinalándose tamén os seus múltiples usos.
Dentro do programa “O mundo na túa cabeza”, desde novembro de 2006 ata maio de 2007, o museo presentou a exposición “O mundo na túa cabeza: que sabemos e como nolo contaron?” e coordinou outras dúas exposicións e diferentes obradoiros, conferencias e cafés científicos en 18 pobos galegos, coa neurociencia como tema central.

Deu a coñecer as especies animais e vexetais silvestres en Galicia que na actualidade se atopan en perigo de extinción ou corren risco de desaparición na natureza a medio prazo.




