Debido al carácter polielectrolítico de las sustancias húmicas, y a la gran variedad de grupos funcionales químicamente reactivos que contienen, pueden interactuar con pesticidas de diferente naturaleza química (catiónicos, aniónicos y compuestos no iónicos), así como con los respectivos productos intermedios y/o finales de degradación de dichos compuestos.

Los pesticidas muestran una mayor afinidad por las superficies de moléculas orgánicas que por las minerales existentes en el suelo. Por tanto, la materia orgánica del suelo y, en particular, su fracción húmica es la principal responsable del comportamiento de los pesticidas aplicados a suelos. Existe una gran variedad de tipos de interacción entre sustancias húmicas y pesticidas, y todas ellas van a afectar a la degradación, acumulación, volatilidad, biodisponibilidad, persistencia, etc. del pesticida en el ecosistema.

La naturaleza de las sustancias húmicas, y sobre todo la de los pesticidas, va a marcar en gran medida las diferencias en la afinidad entre ambos compuestos. Se considera que los pesticidas catiónicos son los que más fuertemente se unen a la fracción húmica debido a su interacción con la superficie cargada negativamente de las sustancias húmicas.

El estudio de la interacción entre sustancias húmicas y pesticidas es por tanto, de enorme interés ya que representa uno de los métodos más importantes de descontaminación del ecosistema y en particular del suelo. Hay que tener en cuenta que las moléculas de pesticida adsorbidas o complejadas con la materia orgánica natural no serán fácilmente desorbidas, degradadas o atacadas por microorganismos.